ドローンの飛行を司るシステムのことである。たとえば中国のDJI製のフライトコントロールシステムはA2などを指します。
フライトコントローラー(FC)はドローンの中核部分であり、各種情報をもとに演算処理を行い、機体の飛行を指示したり様々な情報を送受信することができます。

ドローンの頭脳はフライトコントローラなので、使用目的によってどのドローンを選ぶかを考えないといけませんが、ドローンを自作で作る場合は、ドローンの仕組みについてなどの好奇心からくるもののため、機能によってフライトコントローラを選ぶというよりかは使用方法が変わってきます。いろいろなフライトコントローラの価格や機能、スペック、実績などをによって種類様々あります。

フライトコントローラの機能として、簡単な説明を以下まとめております。
水平維持
スタビライズモード（Stabilize）と一般的に呼ばれているのですが、機体は自動で水平状態に移行しホバリング飛行をするモードであり、GPSは不要です。
高度維持
アルトホールドモード（Alt Hold）と一般的に呼ばれており、スタビライズモードの設定に高度保持機能が追加された状態のモードですと墜落の心配が少ないため、初心者に優しいフライトモードであり、GPSは不要です。
位置維持
ポジションホールドモード（Pos Hold）と一般的に呼ばれており、GPS信号を利用して位置保持・高度保持を行うフライトモードであり、GPSは必要です。
自動帰還
RTLモード（Return-to-Launch）と一般的に呼ばれており、ドローンの機体をアームとしたホームポジション（地点）まで自動誘導するフライトモードであり、安全にドローンを飛ばすうえで重要な機能です。ドローンを飛ばしている途中で機体がコントロールできなくなった場合などに機体が自動的にパイロットのもとに戻ってくるためである。GPSは必要です。